Через три роки після повернення легендарного космічного лінкора «Ямато» Земля почала відбудовувати себе та уклала мир із Гаміланами. Однак це відновлення відбувається за рахунок використання забороненої технології Wave Motion. Тим часом горезвісні колишні члени екіпажу Ямато, які пішли кожен своїм шляхом, отримують психічне послання від таємничої Богині Терези. Вона закликає їх повернутися до т спадкоємець коханого корабля і подорожує на далеку планету Терезарт. Їм обіцяють революційну силу для боротьби з безпрецедентною загрозою невблаганної Імперії Ґатлантіс, яка наближається до Землі з будь-якими невинними намірами. Не в змозі протистояти її благанню, екіпаж знову збирається та відправляється в іншу небезпечну міжгалактичну подорож, яка перевірить їхню мужність і універсальність перед обличчям ще більшого ворога.
