Кохання незвичайне для Коїдзумі Різи та Оотані Ацуші, які обоє намагаються знайти ідеального партнера в середній школі — Коїдзумі на зріст 172 см набагато вища за середню дівчину, а Оотані набагато нижчий за середнього хлопця — 156 см. Крім того, їхнє становище посилюється, їхні закохані закохуються одне в одного, залишаючи Коїдзумі та Оотані смішно схвильованими та розбитими горем. Що ще гірше, їх класний керівник навіть назвав комедійним дуетом їхні характери та різка різниця у зрості, а їхні однокласники навіть сприймають їхні суперечки як замальовки. Lovely★Complex розповідає про те, як Коїдзумі та Утані заохочують одне одного знайти кохання та стати близькими друзями. Крім безглуздих витівок, вони незабаром виявляють несподівану схожість у своїх музичних і модних смаках. Можливо, між ними існує ще невідома хімія, але чи може колись розквітнути кохання між невідповідною парою?