Дія Clannad відбувається в середній школі в якомусь японському містечку. Оказакі Томоя – третьокурсник, який несерйозно ставиться до навчання. Завжди спізнюючись на уроки, решта його однокласників, які зайняті підготовкою до вступних іспитів, сприймають його як правопорушника. Зайве говорити, що близьких друзів у нього теж не так багато. Томоя, здається, теж не заперечує - доки одного разу він мене це дівчина Фурукава Наґіса, яка залишилася сама без друзів у цій школі, тому що всі її знайомі вже закінчили школу. Яка незграбна дівчина, думає він спочатку. Але він не може залишити її саму, тому, допомагаючи їй, він знайомиться з кількома дівчатами зі своєї школи. Незважаючи на те, що спочатку він не надто дбає про них, незабаром він відкриває їм своє серце, коли вони пізнають одне одного краще.
